Les seqüències dels projectes JClic són llistes on s'especifica l'ordre en què s'hauran de mostrar les activitats als alumnes, i la funció que en cada moment tindran els botons d'avançar i retrocedir.

És important dissenyar amb cura la seqüenciació de les activitats, intentant acompassar el ritme de dificultat dels exercicis i combinant elements expositius amb altres purament avaluatius, donant coherència al conjunt.

El pas d'un punt a un altre de la seqüència es pot fer de tres maneres:

• Automàticament, transcorregut un cert temps des de l'acabament d'una activitat.
• Fent clic en alguna casella que tingui com a contingut actiu l'acció de saltar a un determinat punt de la seqüència. Aquesta tècnica es fa servir especialment en activitats que fan de menú dels projectes formats per diverses seccions.
• A voluntat de l'alumne, fent clic als botons del JClic que permeten avançar i retrocedir.

L'aspecte i la posició dels botons d'avançar i retrocedir pot variar segons quin sigui l'entorn visual d'usuari que haguem seleccionat:

Un altre botó important del JClic és el que permet reiniciar l'activitat en qualsevol moment:

Les accions efectuades per aquests botons es poden invocar també des del menú Activitat del JClic, i amb les combinacions de tecles Ctrl+Dreta - Ctrl+Esquerra (fletxes) i Ctrl+Retorn (reinicia).